I pozicionuar në qendër të qytetit, është një godinë modeste e ndërtuar vitet e fundit. Në të do të gjeni informacion gjithëpërfshirës për historinë, etnografinë dhe biodiversitetin. Muzeu është i ndarë në tre pavione: Biodiversiteti, Arkeologjia dhe Etnografia.
Pavioni i Biodiversitetit
Kushtet klimatike të zonës e bëjnë këtë vend me një ekosistem të pasur që është i dokumentuar mirë me katalogjet fotografike të këtij pavioni. I njohur ndryshe si Qyteti i Tulipanëve, ku shumëllojshmëria e tulipanëve është më e pasura në vend. Ndër të tjera, Kukësi ka më shumë se 750 lloje bimë medicinale, 80 prej të cilave prodhohen e mblidhen nga fermerët vendas. Sherebelë, duhani i egër, dollia e zezë dhe salepi, janë vetëm disa prej tyre. Përveç pasurisë së florës dhe faunës, Kukësi njihet dhe për pasuritë natyrore. Disa nga burimet natyrore më të vlerësuara të rajonit janë kromi, bakri dhe uraniumi
Pavioni Arkeologjik
Në pavionin arkeologjik ju do të njiheni mbi ekzistencën e qytetërimit kuksian, e cila daton që para 6000 viteve, para lindjes së Krishtit. Në zonën e Kolshit janë gjetur gjurmë që e dëshmojnë këtë fakt. Shfaqja e tuma ilire (kodërvarreve), në periudhën e bronzit, dëshmojnë gjithashtu për ekzistencën e Kukësit në antikitet.
Pavioni Etnografik
Duke qenë një zonë e thellë, Kukësi nuk ka pasur shumë ndikime të jashtme, të cilat mund të kenë ndikuar në traditë. Të ecësh në këtë pavion do të ndihesh sikur po udhëton në vend, e kohë tjetër. Duhet theksuar se, ndërsa bëni këtë udhëtim, objektet që shikoni janë modele të përpunuara me përpikmëri, duke i qendruar besnik origjinales. Një nga simbolikat e veshjes më të vjetër, është me punim mitani, i cili i përket zonës së Lumës dhe mendohet që është veshje mesjetare. Interesante për t’u vizituar është edhe oda e grave dhe e burrave të kompletuara me dekorime karakteristike.
